Добрый день.
Цитата: Регулярно с расчётного счёту ИП на УСНО 6% снимались суммы от 3000 до 300 000 руб. по чеку, или перечислялись на лицевой счёт карты.
Если получателем был сам этот ИП, проблем нет: все доходы, полученные от предпринимательской деятельности, после налогообложения принадлежат ему лично.
Цитата: Так же суммы менее 100 000 руб. снимались по чеку, выписанному на другое физлицо, или отправлялись на его карту. Возникает ли у другого физлица при получении денег от ИП на УСНО 6% обязанность по уплате НДФЛ?
В первую очередь появляется вопрос, не возникает ли у вашего ИП обязанность налогового агента по НДФЛ (см. ст. 226 НК РФ).
Цитата: Эти обналичивания денег на стороннее физлицо могут проверяющие органы счесть облагаемым доходом?
По крайней мере, их совершенно точно заинтересует основание для таких перечислений. А уже в зависимости от того, что за сделки на самом деле за этим стоят, будет и решаться вопрос налоговых последствий.
Цитата: ИП на УСНО прекращает деятельность, обороты значительные, скорее всего документы затребуют на проверку.
Проверку предпринимательской деятельности могут провести и спустя время (в течение трех лет - совершенно точно) после закрытия ИП - не нужно думать, что если ИП снимут с регистрации, то он уже свободен от налогового контроля. Предупредите, чтобы тщательно продолжал хранить все первичные документы, налоговые регистры и отчетность.